События игры Singularity развиваются одновременно в двух временных отрезках в 1950 и в 2010 годах, причем постоянно происходят скачки из одного периода в другой. Причиной таких скачков явилось то, что на небольшом острове, недалеко от Камчатки советскими учеными был обнаружен элемент, под кодовым названием Е-99. Он должен был стать энергоносителем для новых ракет. Но элемент оказался не стабильным и при испытаниях произошла катастрофа. Советское руководство решило засекретить проект и больше к нему не возвращаться. Но в 2010 году утечка энергии дала о себе знать. Русские молчат по этому поводу, поэтому руководством США на место аварии был отправлен спецотряд, в рядах которого числится и главный герой игры.