Бармен Дезмонд Майлз, который работает в самом заурядном баре, неожиданно для себя становится объектом интереса корпорации, которая занимается извлечением генетической памяти. С помощью машины, под названием "Анимус" ученые пытаются узнать, где далекий предок Дезмонда ассасин Альтаир ибн-Ла-Ахад обнаружил артефакт древней цивилизации. Помимо поиска артефакта игроку предстоит пережить не одно опасное приключение в поисках нужной информации.