С тех пор как капитану Шепарду и его команде удалось спасти все живое во вселенной от планового уничтожения Жнецами, прошло 2 года. Теперь Шепард и Co патрулируют просторы космоса на корабле "Нормандия СР-1", добивая то, что осталось от врагов. Казалось бы всё, враг почти повержен. Как одна за другой начали исчезать разбросанные по вселенной людские колонии. Для того, чтобы разобраться что происходит и устранить угрозу Шепарду необходимо собрать новую команду. От его действий и действий команды зависит исход финальной битвы. Особенностью игры является то, что во второй части можно использовать сохранения из первой части Mass Effect, тем самым сохранив персонажа и ранее принятые решения.