Prototype - экшен от третьего лица, действия которого происходят в настоящее время в альтернативной реальности. Нью-Йорк, город охвачен неизвестным вирусом. Алекс Мерсер просыпается в морге и начинает осознавать что, он не помнит ни как он здесь оказался, ни где он, ни какой сейчас год - одним словом ничего, кроме своего имени. Когда он выбирается из здания, то обнаруживает, что куча военных пытается его убить. Но сделать этого им не удается - как оказалось Алекс стал обладать сверх силой и способностями и ему не составило труда справиться с ними. Почему он ничего не помнит? Кто он? Кто с ним это сделал и почему? На эти и другие вопросы Алексу предстоит найти ответы.