Сюжет ролевой игры Persona 5 раскручивается вокруг героя, переехавшего без родителей в Токио и обучающегося в старших классах школы. Проживает протагонист у знакомых в кафе, где имеется кот Моргана. По странному стечению обстоятельств, при непосредственном участии кота, протагонист может попадать в другую реальность, где проявляются все сокровенные и тайные желания и помыслы людей. Герой сколачивает вокруг себя группу единомышленников, под названием Призрачные Похитители Сердец, для обследования Дворцов — мест, созданных силой чувств людских сердец. В группу, кроме героя и кота, входит еще 7 школьников.

Днем это обычные старшеклассники, а по вечерам и ночам, перемещаясь в параллельную реальность, группа борется с наихудшими, ужасными намерениями и желаниями людей, которые рискуют обернуться угрозой для жителей подлинного мира. Каждый из героев, включая кота, в борьбе с врагами использует свое оружие – от хлыстов, кастетов, рогаток, мечей и металлических труб, до световых бластеров и гранатометов-пулеметов.