После событий второй части, в которой главный герой изгнал враждебно настроенных цефов из Нью-Йорка, корпорация Cell решила накрыть город куполом, а все население выдворить прочь. Якобы для их же защиты. На самом деле корпорацией был найден бесконечный источник энергии, и ее основатели решили расширить и без того свое огромное влияние. Герою предстоит узнать, что за тайну хранит Cell под большим коконом...