Майк Тортон - один из лучших специальных агентов. Ему был отдан приказ найти террористическую группировку Аль-Самад, которая на днях сбила пассажирский самолет, из новой ракеты американского производства. Как только Майк вышел на след лидера группировки, правительство США отстранило его от дела и объявила на него охоту. Задача главного героя не попадаться и найти зачинщиков заговора.

Игрок получает преимущество пользуясь секретной программой - Alpha Protocol, которая дает ему возможность видеть главного героя сверху. Также зарабатывая очки, можно усовершенствовать любой из доступных навыков. Навыки повышают эффективность использования оружия, а также дают дополнительные способности.