Aquaria открывает для игрока красивый подводный мир, в котором помимо прекрасных мест, имеются уголки в которых главную героиню - амфибию Найю, поджидают злые чудовища. Путешествуя по подводным городам, героиня узнает историю этого места, а также некоторые подробности про свое существование.

В Aquaria игроку предстоит разгадать загадочные тайны водных красот, встретить жрецов некого культа, а также сразиться с кровожадными монстрами, обитающими в недрах этого мира. Также игрока ждут потайные локации и древние артефакты, которые помогут узнать получше живописную Акварию.