В доме семьи Лиддел случился пожар. Во время пожара родители и сестра главной героини Алисы погибли. Хоть она и выжила, но получила психологическую травму. Девочка изводила себя виной в смерти семьи. Врачи выявили диагноз - кататония, и отправили Алису в психбольницу, где она научилась мысленно проникать в Страну чудес. События игры происходят через десять лет после пожара, когда Алису выписали из лечебницы. Но даже после стольких лет, девочка не смирилась со смертью родственников и хочет узнать причину страшного пожара.

Геймлпей в игре делится на две части: происходящие события в стране чудес и реальность. На улицах Лондона у Алисы нет ни способностей, ни врагов. Но в воображаемом мире она использует различные умения: способность уменьшаться (что дает ей чутье кошки), делать супер-прыжки и прочее.